Съезд народных депутатов не связал протоколы с аннексией балтийских государств, поскольку его мандат касался только 1939 года, тогда как в отношении Балтии положения протоколов были полностью осуществлены только в 1940-м. Предложения народных депутатов от балтийских республик создать новую комиссию для расследования событий 1940-1941 годов поддержки не получили. В общем, Съезд народных депутатов в декабре 1989-го действительно осудил секретные протоколы, но не выразил мнения относительно их последствий. Не сделала этого и новая Россия
