В апреле 1981 года Рогинскому было предложено эмигрировать из СССР, однако он отказался. В августе того же года был арестован и приговорен к 4 годам лишения свободы по обвинению в подделке документов. После освобождения в 1985 году возобновил научную работу; некоторые его исследования, написанные до ареста, были опубликованы под псевдонимами в исторических сборниках «Минувшее», изданных во Франции в 1986 году.
В 1988—1989 годах Рогинский стал одним из основателей историко-просветительского, правозащитного и благотворительного общества «Мемориал», с 1998 года — председателем его правления.
В 1990 году по инициативе Арсения Рогинского был основан Научно-информационный и просветительский центр «Мемориал», в 1996 году он был избран его председателем.
В 1990-1993 годах был экспертом комитета Верховного Совета РФ по правам человека, в 1991-1993 – экспертом Комиссии Верховного Совета по передаче архивов КПСС и КГБ на государственное хранение и Комиссии Верховного Совета РФ по реабилитации жертв политических репрессий. В 1992 году выступил экспертом Конституционного Суда РФ по «делу КПСС».
В начале 90-х годов был членом правления Института «Открытое общество» (Россия), член редколлегий журналов «Звезда» и «Открытая политика».
https://day.kyiv.ua/ru/article/podrobnosti/pamyati-arseniya-roginskogo